Le territoire de la région est très urbanisé malgré la fragmentation éco-paysagère d'une grande partie du territoire (par les routes) et des grandes vallées de la Seine, de la Marne, et de l'Oise (par l'urbanisation). Elle possède de grands massifs forestiers (285 000 ha dont 87 000 ha de forêt publique) et de nombreux grands parcs urbains qui ceinturent presque la région au sud. La région a cependant moins perdu de biodiversité que certaines zones d'agriculture intensive de surface équivalente plus au nord. Cette ceinture forme un réservoir de biodiversité, principalement constitué du Vexin, des forêts de Rambouillet et d'Yvelines, connectés par des vallées de l'Essonne et certaines boucles de la Seine, repérés comme éléments du Réseau écologique national.

Selon son Profil environnemental régional, l'Île-de-France est du point de vue de la biodiversité dans une situation moyenne à l'échelle du continent européen, plus riche que les régions du Nord, mais moins que celles du sud. Un réseau relictuel et fragile, à conforter de corridors biologiques a permis un minimum de dispersions animales et végétales entre les grands noyaux de nature (massifs forestiers, zones humides) par la Carte des corridors biologiques d'intérêt régional

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