La Franche-Comté se divise en 4 départements: le Doubs (25), le Jura (39), la Haute-Saône (70) et le Territoire de Belfort (90). De part sa position au centre de l'Europe, la Franche-Comté est un passage obligé des mouvements à la fois humains et économiques. En effet, la région, frontalière avec la Suisse, est aussi très proche de 2 grands pays européens : l'Allemagne et l'Italie.

La Franche-Comté est une région montagneuse. Elle contient une partie importante du massif du Jura, en bordure avec la Suisse. Au nord de la région se trouve le massif des Vosges (une partie du Ballon d'Alsace se trouve en Franche-Comté).

Les deux principaux sommets sont le Crêt Pela à 1495m dans le Jura et le Mont d'Or culminant à 1463 m dans le département du Doubs. Les sommets les plus élevés du massif du Jura se situent en Suisse ou dans l'Ain.

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